Mediante Resolución No. 3 de 1991 emitida por el mismo organismo, su ente rector se compone de (9) magistrados, los cuales son elegidos por el Congreso de la República por un periodo de (4) años. El acto legislativo 03 del 23 de mayo del 2017 y el Auto N° 499/17 de la Corte Constitucional establecieron la designación transitoria de un delegado del partido FARC ante el Consejo Nacional Electoral que podrá participar en las deliberaciones de esa corporación.