El Consejo Nacional Electoral, además de sus nueve miembros directivos cuenta con once Unidades Asesoras, las cuales se encargan de acompañar y apoyar en el cumplimiento de los deberes y funciones soportados en gestión misional y administrativa de la entidad. Actualmente y de acuerdo a lo establecido en la estructura orgánica la corporación cuenta con las siguientes asesorias:

• Administrativa
• Comunicaciones y Prensa
• Prevención, Capacitación y Fortalecimiento Democrático
• Fondo Nacional de Financiación Política
• Inspección y Vigilancia
• Jurídica
• Planeación
• Relaciones Internacionales y Encuestas
• Sistemas
• Secretaría General
• Subsecretaría