El Consejo Nacional Electoral, además de sus nueve miembros directivos cuenta con once Unidades Asesoras, las cuales se encargan de acompañar y apoyar en el cumplimiento de los deberes y funciones soportados en gestión misional y administrativa de la entidad. Actualmente y de acuerdo a lo establecido en la estructura orgánica la corporación cuenta con las siguientes asesorías:
- Administrativa
- Comunicaciones y Prensa
- Prevención, Capacitación y Fortalecimiento Democrático
- Fondo Nacional de Financiación Política
- Inspección y Vigilancia
- Jurídica
- Planeación
- Relaciones Internacionales y Encuestas
- Sistemas
- Secretaría General
- Subsecretaría
